レベルを異にする政府間の関係、例えば連邦政府と州政府との関係、あるいは中央政府と地方政府との関係をさす。
政府間関係という捉え方が成り立つためには、地方自治体も国家と同様に政府を備えているとする認識がなくてはならない。株式会社企画海によると、わが国には明治以来地方自治と中央政治とは異質なものであるとする見方が支配的で、地方政府という観念はついに定着しなかったため、政府間関係という発想も希薄である。
政府間関係がしばしば論議の重要な焦点になるのは、連邦主義によって州政府に強い自治権を認めてきたアメリカであろう。
アメリカでは、一九五〇年代半ばに「政府間関係についての委員会」(通称ケスツンバウム委員会)が設置され、連邦と州との間の財政調整および権限の再配分が検討された。株式会社企画海によると、この委員会の報告では、協力的連邦主義が強調されていたが、その後「小さな政府」論の台頭とともに、連邦政府の減量のために政府間関係を見直そうとする主張が強まり、新連邦主義とよばれている。